Celles des départements, régions, certains particuliers et autres sont le plus souvent déposées au registre des marques (comme un logo, ou une devise ) à l'INIPI, l'institut Nationational de la propriété intellectuelle).
Typiquement le drapeau national y est. avec les interdits qui vont avec.
cd FAQ : Puis-je utiliser comme élément de marque le drapeau national de la France ?
http://www.inpi.fr/fr/questions-faq/question/faq_question/puis-je-utiliser-comme-element-de-marque-le-drapeau-national-de-la-france-2630.html?cHash=6762119f8f
Vous avez la même chose à l'international : Organisation Mondiale de la propriété intellectuelle (OMPI).
Le coté juridique n'étant absolument pas mon domaine, je préfère éviter d'en dire plus de peur de raconter des âneries

edit (sans le cresson) : j'ai oublié de parler de la commission nationale d'héraldique : a été instituée par une décision du ministre de la culture et de la communication le 14 décembre 1999, mais elle n'a un rôle que consultatif je crois.
Par contre s'il faut en croire Wiki (à prendre avec des pincettes donc) et je me permets de citer la partie
Propriété intellectuelle
En France, le blason des communes et des institutions publiques n'est pas assimilé à une marque déposée (au sens du l'article L-713-3 du Code de la propriété intellectuelle), ni à une œuvre (avec des droits d'auteur).
Les drapeaux et les blasons régionaux suivent l'usage des noms, lorsqu'ils sont l'expression figurée du nom des régions ou des provinces historiques : ils sont alors dans le domaine public et peuvent être utilisés par tous ceux qui veulent marquer leur origine ou leur appartenance à la région. Cependant, lorsqu'ils sont associés à des noms de familles ou à celui d'institutions particulières (hôpitaux, régiments, etc.), ou lorsqu'ils sont apposés sur des produits commerciaux, ils suivent respectivement le droit des noms patronymiques et celui des appellations d'origine.
Le blasonnement lui-même, même d'élaboration contemporaine, n'est pas soumis à proprement parler au droit de propriété intellectuelle :
Il s'agit d'un langage technique propre pour décrire le dessin précis d'un blason et des ornements extérieurs de l'écu, que rien ne peut décrire autrement, hormis une variante syntaxique. Pour être protégés, les dessins et les descriptions techniques doivent faire l'objet d'un dépôt à l'INPI, sous réserve d'originalité ; et ceci sans préjudice des droits de protection légale d'utilisation des blasons eux-mêmes par leurs détenteurs, comme associés à un patronyme légal (considérés comme partie du nom de famille) ou à une collectivité territoriale (cf. ci-dessus) ou à un territoire historique.
En revanche, tout dessin d'un blason est assimilable à une œuvre de l’esprit à caractère graphique, et son auteur bénéficie du droit de propriété intellectuelle qui protège toute œuvre de l’esprit, qu’elle soit littéraire, musicale, graphique, plastique, et qui naît de la production même de l’œuvre et qui sera protégée jusqu’à 70 ans après la mort de l’auteur. À la différence du blasonnement, le dessin d'un blason revêt un caractère d'œuvre artistique originale, au sens où elle contient « l'empreinte personnelle de son auteur »6.
On peut consulter la Direction des Archives départementales du Loiret7 ou les services juridiques du ministère de la Culture pour plus de renseignements sur la protection des blasons élaborés à l'époque contemporaine.